阳离子聚丙烯酰胺在制药厂废水处理可以使用，其效果一般是沉淀水中的杂质，因为制药厂废水有抗生素等成分，随意排放对水质影响非常大，需要进行各工艺分阶段处理。制药厂废水的来源来自制药厂，包括工艺废水,机修、冲洗废水，生活污水等。
制药厂的污染不亚于印染行业。其水质比较复杂，污水中含有有毒有害难以降解的有机物质。如果说直接排放的话，将直接影响环境。制药厂废水的水质一般应设调节池，调节水质水量以及pH，然后再选用阳离子聚丙烯酰胺进行污泥脱水，且根据实际情况处理，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。
阳离子聚丙烯酰胺(CPAM)是线型高分子化合物，由于它具有多种活泼的基团， 可与许多物质亲和、吸附形成氢键。主要是絮凝带负电荷的胶体，具有除浊、脱色、吸附、粘合等功能， 适用于染色、造纸、食品、建筑、冶金、选矿、煤粉、油田、水产加工与发酵等行业有机胶体含量较高的废水处理，特别适用于城市污水、城市污泥、造纸污泥及其它工业污泥的脱水处理。
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